Το ΚΕΜΝΕ διαθέτει μεγάλο αριθμό μικροταινιών χειρογράφων κωδίκων, αρχειακών τεκμηρίων και παλαιών εντύπων. Στο υλικό αυτό περιλαμβάνονται, μεταξύ άλλων:
- Χειρόγραφοι κώδικες και αρχεία από τις μονές των Μετεώρων και τη μονή Δουσίκου, κυρίως, καθώς και από άλλες ελληνικές και ξένες βιβλιοθήκες
- Διπλωματική αλληλογραφία της πρεσβείας της Αγγλίας στην Κωνσταντινούπολη (1572-1770) και αλληλογραφία των Βρετανών προξένων – απεσταλμένων της Levant Company στην Ανατολή (1770-1825), σε μικροταινίες και ψηφιοποιημένη μορφή. (Δωρεά Μιχαήλ Σακελλαρίου)
- Το Χρονικό του Γαλαξειδίου.