Η Ιωάννα Χριστοφοράκη γεννήθηκε στη Ρόδο το 1967. Αποφοίτησε με άριστα από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών και συνέχισε τις μεταπτυχιακές της σπουδές στη Βυζαντινή Τέχνη και Αρχαιολογία (MPhil) στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, όπου και εκπόνησε τη διδακτορική της διατριβή (DPhil) υπό την επίβλεψη του καθηγητή Cyril Mango, με τίτλο Patronage, Art and Society in Lusignan Cyprus, c. 1192-c. 1489. Κατέχει επίσης μεταπτυχιακό τίτλο (ΜΑ) στη Διοίκηση Μουσείων και Πινακοθηκών από το Πανεπιστήμιο City του Λονδίνου.
Από το 2001 έως το 2003 εργάστηκε ως αρχαιολόγος-μουσειολόγος στη Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων του Υπουργείο Πολιτισμού. Το 2004 εξελέγη ως ερευνήτρια στο Κέντρο Έρευνας της Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής Τέχνης της Ακαδημίας Αθηνών, όπου και υπηρετεί ως σήμερα στη βαθμίδα της ερευνήτριας Β΄(κύρια ερευνήτρια).
Από το 2003 έως το 2013 δίδαξε ως Συνεργαζόμενο Εκπαιδευτικό Προσωπικό στο προπτυχιακό πρόγραμμα «Σπουδές στον Ελληνικό Πολιτισμό» του Ελληνικού Ανοιχτού Πανεπιστημίου, ενώ από το 2017 έως το 2020 στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Διοίκηση Πολιτισμικών Μονάδων» του ίδιου ιδρύματος. Δίδαξε επίσης Βυζαντινή Τέχνη και Αρχαιολογία στην Ανώτερη Σχολή Ξεναγών (2004-06) καθώς και στο Πανεπιστήμιο Κρήτης (2003).
Έχει λάβει ερευνητικές υποτροφίες και βραβεία από ιδρύματα του εξωτερικού (The Council of the American Archaeological Research Council, The Getty Research Exchange Fellowship Program for the Mediterranean Basin, The Italian Art Society, The Society of Antiquaries of London, The British School at Athens, The Gladys Krieble Delmas Foundation of New York, The A.G. Leventis Foundation), ενώ διετέλεσε ακαδημαϊκή επισκέπτρια στο Τμήμα Ιστορίας της Τέχνης του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης καθώς και ανώτερη ερευνήτρια στο Cyprus American Archaeological Research Institute (CAARI).
Έχει συμμετάσχει σε πολυάριθμα διεθνή επιστημονικά συνέδρια και έχει δώσει ομιλίες και διαλέξεις μετά από πρόσκληση σε πανεπιστήμια και επιστημονικά ιδρύματα της Ελλάδας, της Ευρώπης και των ΗΠΑ. Με την οικονομική υποστήριξη του Fritz-Thyssen Stiftung έχει διοργανώσει ένα διεθνές συνέδριο με θέμα τα επαιτικά τάγματα στην ανατολική Μεσόγειο (https://mendicants.weebly.com/), ενώ έχει επίσης διοργανώσει ημερίδες, θεματικές ενότητες και στρογγυλές τράπεζες στο πλαίσιο διεθνών συνεδρίων.
Έχει δημοσιεύσει μελέτες σχετικά με την τέχνη και τον υλικό πολιτισμό της μεσαιωνικής Ρόδου, Κρήτης και Κύπρου σε διεθνή περιοδικά, συλλογικούς τόμους και πρακτικά συνεδρίων. Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα εστιάζουν στην τέχνη και αρχαιολογία της λατινοκρατούμενης Ελλάδας και Κύπρου και στις καλλιτεχνικές ανταλλαγές μεταξύ Βυζαντίου και Δύσης μετά την τέταρτη σταυροφορία.