Οι κλειστές συλλογές αποτελούνται από σημαντικές δωρεές προσωπικών βιβλιοθηκών διακεκριμένων λογίων και ακαδημαϊκών. Διατηρούνται ως ενιαία και αδιάσπαστα σύνολα στη Βιβλιοθήκη, λόγω της σπανιότητας και της ιδιαίτερης ιστορικής και επιστημονικής τους αξίας. Η πρόσβαση και η χρήση τους διέπονται από ειδικούς όρους, με στόχο τη διαφύλαξη και την προστασία του πολύτιμου αυτού υλικού.
Δωρητές Βιβλιοθηκών
- Χρίστος Π. Οικονόμου
- Ευριδίκη Αντζουλάτου – Ρετσίλα
- Αντώνιος Ρεγκάκος
- Ανδρέας Καραμάνος
- Choisy Jean F.
- Αναστάσιος Κ.Π. Σταμούλης
- Αντώνιος Μανούσης
- Απόστολος Σαχίνης
- Βασιλιάς Γεώργιος Β’
- Κ. Σ. Κόντου
- Γ. Μαυροκορδάτος – Γ. Μπαλτατζής
- Γεώργιος Αρβανιτίδης
- Γεώργιος Πετρόπουλος
- Γεώργιος Ε. Μυλωνάς
- Γιάννης Βλαχογιάννης
- Γρηγόριος Κασιμάτης
- Δημήτριος Χατζίσκος
- Δημήτριος Αιγινήτης
- Εμμανουήλ Ροΐδης
- Ερρίκος Σκάσσης
- Η εν Αθήναις Επιστημονική Εταιρεία
- Σπύρος Ιακωβίδης
- Ελένη Ιωαννίδη
- Ανδρέας Καραντώνης
- Στέφανος Κουμανούδης
- Κωνσταντίνος Καραθεοδωρή
- Αγγελική Λαΐου
- Λεωνίδας Φιλιππίδης
- Μάττη Ξυλά – Egon
- Μιχαήλ Σακελλαρίου
- Ναδίρα Σκυλίτση
- Ξενοφών Ζολώτας
- Ξενοφών Σιδερίδης
- Παναγιώτης Αριστόφρων
- Περικλής Θεοχάρης
- Ταμείον Ανταλλαξίμων και Κοινωφελών
- Τιμολέων Ηλιόπουλος