Ο Σταμάτης Μπέης είναι Διευθυντής Ερευνών (Ερευνητής Α΄) στο Κέντρον Ερεύνης των Νεοελληνικών Διαλέκτων και Ιδιωμάτων της Ακαδημίας Αθηνών (ΚΕΝΔΙ-ΙΛΝΕ) και συντάκτης του Ιστορικού Λεξικού της Ακαδημίας Αθηνών.
Δίδαξε Γενική και Βαλκανική Γλωσσολογία στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας (2000-2003). Δίδαξε επίσης στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο (2003-2012) και στο Πανεπιστήμιο Paris VII.
Είναι διδάκτορας Γλωσσολογίας του Πανεπιστημίου Paris-V-Σορβόννη (2000). H διδακτορική του διατριβή αποτελεί μια γλωσσική περιγραφή -μονογραφία (φωνητική, φωνολογική,΄μορφολογική και συντακτική ανάλυση) του βλαχικού ιδιώματος του Μετσόβου. Είναι επίσης συγγραφέας του βιβλίου- μονογραφίας του ιδιώματος της Λάρισας (2023)
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα και οι δημοσιεύσεις του εστιάζουν σε ζητήματα διαλεκτολογίας και γλωσσικής περιγραφής: φωνητική, φωνολογία, μορφολογία, σύνταξη, με ειδίκευση στα βόρεια ελληνικά ιδιώματα και τη βλαχική γλώσσα, κοινωνιογλωσσολογίας (ιδιαίτερα σε θέματα γλώσσας και ταυτότητας που αφορούν στις μειονοτικές γλώσσες στην Ελλάδα) και Βαλκανικής Γλωσσολογίας.
Από το 2011 συμμετέχει στη Συντακτική Ομάδα του Γλωσσικού Άτλαντα της Ευρώπης (Atlas Linguarum Europae) ως μοναδικό μέλος της Ελληνικής Εθνικής Επιτροπής.