Στο Κέντρο απόκεινται φωτογραφικά, αρχιτεκτονικά και σχεδιαστικά αρχεία κυρίως των μνημείων που εμπίπτουν στο πεδίο έρευνάς του, τα οποία συνεχώς εμπλουτίζονται και κατά περίπτωση ψηφιοποιούνται.
Πιο συγκεκριμένα στο Κέντρο έχουν περιέλθει τα κάτωθι αρχεία:
Αρχείο Παύλου Μ. Μυλωνά (φωτογραφικό και σχεδιαστικό αρχείο του ακαδημαϊκού Παύλου Μ. Μυλωνά που αφορά στη ζωγραφική του Αγίου Όρους και άλλων μνημείων.
Αρχείο Αγγελικής Μητσάνη (φωτογραφικό αρχείο της αρχαιολόγου Αγγελικής Μητσάνη για τα μνημεία των Κυκλάδων).
Αρχείο Άννας Μαραβά-Χατζηνικολάου (1911-2005) και Χριστίνας Πάσχου (φωτογραφικό υλικό για τις μικρογραφίες χειρογράφων της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Ελλάδος, το οποίο δημοσιεύθηκε στους τόμους Άννα Μαραβά-Χατζηνικολάου και Χριστίνας Πάσχου, Κατάλογος Μικρογραφιών Βυζαντινών Χειρογράφων της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Ελλάδος, τ. Ι (Χειρόγραφα Καινής Διαθήκης Ι΄-ΙΒ΄ αιώνος, Αθήνα 1978), τ. ΙΙ (Χειρόγραφα Καινής Διαθήκης ΙΓ΄-ΙΕ΄ αιώνος, Αθήνα 1985), τ. ΙΙΙ (Ομιλίες Πατέρων της Εκκλησίας και Μηνολόγια 9ου-12ου αιώνα, Αθήνα 1995).
Μεγάλο μέρος των αρχείων του Κέντρου έχει ψηφιοποιηθεί με τη δράση της Ακαδημίας Αθηνών «Προβολή του έργου των Ερευνητικών Κέντρων της Ακαδημίας Αθηνών στον Παγκόσμιο Ιστό» (ΕΣΠΑ 2007-2013), το 2016.